МРТ не використовує іонізуюче випромінювання, яке використовується в рентгенівських променях і комп’ютерній томографії, і немає відомих шкідливих побічних ефектів, пов’язаних із тимчасовим впливом магнітного поля, яке використовується сканерами МРТ. Існує невеликий ризик розвитку алергічної реакції на контрастну речовину.